Cadre phylogénétique
Les espèces ancestrales pures
Le séquençage à haute couverture par Wu et al. 2018 (Nature) a identifié 10 espèces pures issues de la radiation initiale du genre Citrus au Miocène tardif (~6-8 Ma) dans les contreforts sud-est de l'Himalaya. Une seconde radiation océanique a peuplé l'Australie au Pliocène (~4 Ma). Wu et al. 2021 a ajouté une 11ᵉ espèce, C. ryukyuensis, parente du tachibana.
Les 4 espèces fondatrices structurantes sont : Citrus medica (cédratier), C. maxima (pamplemoussier), C. reticulata (mandarinier) et C. micrantha (papeda).
Les hybrides ancestraux fixés
La quasi-totalité des cultivars commerciaux descend d'une dizaine d'hybrides ancestraux apparus avant l'ère scientifique et fixés par apomixie nucellaire :
- C. × aurantium (bigaradier) = maxima × reticulata
- C. × sinensis (orange douce) = mosaïque maxima/reticulata complexe
- C. × paradisi (pomelo) = maxima × sinensis, Barbade ~1750
- C. × limon (citron) = aurantium × medica (3 génomes)
- C. × junos (yuzu) = ichangensis × reticulata var. austera, clone unique
- C. unshiu (satsuma) = Kishu mikan × Kunenbo, ~1600 Japon
- C. × wilsonii (Ichang Lemon) = maxima × yuzu
Trois faits structurants de la collection
1. La diversité apparente masque une uniformité génétique étonnante. Les 16 satsumas dérivent d'un clone unique (Owari, ~1600). Tous les Navels descendent du mutant Bahia (~1820, Brésil). Les 5 Yuzus français sont des clones du même événement d'hybridation chinois antique. La lignée Hudson → Star Ruby (1959) concentre 70% des grapefruits modernes.
2. La phylogénomique post-Wu 2018 oblige à requalifier de nombreux cultivars. Le « Shang Yuan » n'est pas un cédrat mais un hybride à 3 génomes (= C. wilsonii). Le « Citrus maxima Sotchi » est en réalité un pomelo (C. paradisi). Le Sudachi n'est pas une espèce mais un cultivar hybride (Yuzu × ?).
3. Deux moteurs d'extension géographique se distinguent : l'hybridation interspécifique avec des taxons rustiques (Poncirus → citranges, ichangensis → yuzu/Elisa, glauca → Eremorange) et la sélection de mutations adaptatives sous pression climatique (lignée Sotchi 1939, satsumas louisianais post-gel, sélections caucasiennes Saadreo).
Sources
Wu G.A. et al. 2018, Nature 554:311-316, « Genomics of the origin and evolution of Citrus » • Wu G.A. et al. 2021, Nat. Commun. 12:4377 • Shimizu T. et al. 2016, PLOS One 11(11):e0166969 • Demarcq B. et al. 2021, J. Agric. Food Chem. 69:3175 • Wang et al. 2025, Research Square (Changshan Huyou) • Talon M., Caruso M. & Gmitter F.G. 2020, The Genus Citrus, Woodhead Publishing • UCR Citrus Variety Collection (citrusvariety.ucr.edu) • INRAE-CIRAD San Giuliano (CRB Citrus) • Pépinières Quissac (jardin-ecologique.fr) • Pépinière Veyssières (greffeurdagrumes.com)